A atuação da FADESP inicia desde a assessoria das relações institucionais passando pela elaboração de cronogramas e planos de trabalho de projetos de pesquisa, ensino, extensão, desenvolvimento institucional, científico, tecnológico e de inovação. As equipes formadas por professores, técnicos e bolsistas são orientadas antes e durante a execução dos projetos para que as leis e normas que regem os recursos públicos e privados sejam obedecidas.

O apoio na gestão administrativa e financeira dos recursos dos projetos permite o cumprimento dos procedimentos legais relativos a compras nacionais e internacionais, seleção e contratação de mão-de-obra especializada, pagamento de bolsas, controle contábil e prestação de contas. Tudo é feito sempre em conformidade com a legislação pertinente e com as exigências dos órgãos financiadores e fiscalizadores.

O gerenciamento dos recursos de cada projeto é realizado através de conta específica e obedece a classificação de despesas e registros de créditos exigidos pelos órgãos financiadores ou contratantes. O coordenador acompanha e ordena as despesas do projeto via web (Espaço do Coordenador).