A FADESP é fundação de apoio de 11 instituições de ensino e pesquisa, atuando na gestão de projetos voltados à pesquisa, ensino, extensão e inovação. Entre as instituições apoiadas estão: a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio), Instituto Evandro Chagas (IEC), Instituto Federal do Pará (IFPA), Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA), Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG), Universidade Federal do Pará (UFPA), Universidade Federal do Oeste do Pará (UFOPA), Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA), Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará (UNIFESSPA) e o Centro Gestor e Operacional do Sistema de Proteção da Amazônia (CENSIPAM).