A FADESP é fundação de apoio de 12 instituições de ensino, pesquisa e inovação, atuando na gestão de projetos voltados à pesquisa, ensino, extensão e desenvolvimento tecnológico. Entre as instituições apoiadas estão: o Centro Gestor e Operacional do Sistema de Proteção da Amazônia (CENSIPAM), a Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (EBSERH), a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), o Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio), o Instituto Evandro Chagas (IEC), o Instituto Federal do Pará (IFPA), o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA), o Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG), a Universidade Federal do Oeste do Pará (UFOPA), a Universidade Federal do Pará (UFPA), a Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA) e a Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará (UNIFESSPA).